El procedimiento para clasificar los establecimientos educacionales son ordenados anualmente de acuerdo con sus resultados educativos y otros indicadores de desempeño. Actualmente, se aplica el procedimiento establecido en el Decreto N° 293, del 04 de agosto de 2009, que establece los Estándares Nacionales y Criterios Específicos para la Calificación de los Resultados Educativos de la Ley SEP.

De acuerdo con el procedimiento establecido en el artículo 19 de la Ley N° 20.529, si existe alguna disconformidad con la clasificación asignada, el sostenedor podía impugnar la ordenación del establecimiento educacional ingresando a la zona privada del sostenedor del portal web www.comunidadescolar.cl, al módulo “CLASIFICACIÓN SEP 2016”, dentro del plazo máximo de 5 días hábiles a partir de la fecha en que recibió la carta de notificación.

En cuanto a la cantidad de recursos asignados, los establecimientos Autónomos y Emergentes recibirán la misma cantidad de recursos, siempre y cuando los emergentes no estén afectos a retenciones por no entregar el PME o no cumplimiento del mismo. Por su parte, los establecimientos En Recuperación tienen asignado, en valor USE, la misma cantidad de recursos. Sin embargo, su metodología de cálculo es distinta, dado que para las 2 categorías superiores se calcula mes a mes de acuerdo a la asistencia de los últimos 3 meses, mientras los establecimientos En Recuperación se le pagan montos fijos mensuales durante el año, de acuerdo a la asistencia promedio de alumnos prioritarios el año anterior. Dado lo anterior, se pueden generar diferencias en la cantidad de recursos a recibir. La subvención por concentración se paga a todos por igual.

Requisitos respecto al Plan de Mejoramiento Educativo de los establecimientos según su clasificación
a) Autónomos: Deben presentar y cumplir el PME, elaborado con el director del establecimiento y el resto de la comunidad, que contemple medidas con especial énfasis en los alumnos prioritarios, impulsar una asistencia técnico-pedagógica especial para mejorar el rendimiento escolar de los alumnos con bajo rendimiento académico y con acciones en las áreas de gestión del currículum, liderazgo escolar, convivencia escolar o gestión de recursos en la escuela, pudiendo priorizar aquellas que el sostenedor decida.
b) Emergentes: Además de lo que se exige para los Autónomos, su plan debe ser profundizado y entregado al MINEDUC y a la Agencia de Calidad de la Educación dentro del plazo de 1 año desde la firma del convenio, incluyendo: un diagnóstico de la situación inicial del establecimiento; un conjunto de metas de resultados educativos para el período que cubre el plan; coordinar y articular acciones con las instituciones y redes de servicios sociales competentes para detectar, derivar y tratar problemas sicológicos, sociales y necesidades educativas especiales de los alumnos prioritarios; y establecer actividades docentes complementarias a los procesos de enseñanza y aprendizaje de los alumnos prioritarios, para mejorar su rendimiento escolar.
c) En Recuperación: Además de lo que se exige para los Autónomos, deberán lograr los estándares nacionales correspondientes a la categoría Emergentes en 4 años, y su plan debe: abarcar tanto el área administrativa y de gestión del establecimiento como el proceso de aprendizaje y sus prácticas; podrá ser elaborado e implementado con apoyo del MINEDUC o asistencia del Registro ATE; y podrá contemplar medidas de reestructuración del equipo de docentes directivos, técnico-pedagógicos o de aula, a fin de superar las deficiencias detectadas.